La observación de aves es relativamente fácil caminando por los diversos senderos en toda la zona, algunos muy conocidos internacionalmente, como: Bermejas, Las Salinas de Brito y el Río Hatiguanico. De las 368 aves conocidas en Cuba, 70% están presentes en la reserva Zapata, incluyendo tres especies localmente endémicas: la Ferminia, la Cabrerito de la Ciénaga y la gallinuela de Santo Tomás, verdaderos tesoros de la ornitología de Cuba.